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事业型种子经营主体是我国种业发展史上形成的一种与种子管理和种子企业相并列的特殊机构，其形成和发展复杂，机制滞后，必须进行改革。基本思路是树立市场经济意识，建立现代种子经营体制、人性化法人制度和品牌型企业文化。基本保证措施是打破行政化条块分割制，改革所有制结构，取消国家统包统管，自主掌控人事权力，做好配套改革。