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针对水声通信双方加速运动导致的一帧数据中每个码元的伸缩比变化，在模糊度函数的基础上提出一种多普勒频移补偿方法。通过对线性调频同步信号进行匹配滤波来估计多普勒频移的取值，根据每个码元的插值因子进行重采样后，采用带有数字锁相环路的判决反馈均衡器补偿残留频移。计算机仿真验证了该方法的有效性，将其与采用恒定插值因子的方法进行了性能对比。结果显示，该方法能够较好地补偿多普勒频移，提高接收性能。