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在基因组数据中，有20％-30％的产物被预测为跨膜蛋白，本文通过对膜蛋白拓扑结构预测方法进行分析，并评价其结果，为选择更合适的拓扑结构预测方法预测膜蛋白结构。通过对目前已有的拓扑结构预测方法的评价分析，可以为我们在实际工作中提供重要的参考。比如对一个未知拓扑结构的跨膜蛋白序列，我们可以先进行是否含有信号肽的预测，参考Polyphobius和SignalP两种方法，若两种方法预测结果不一致，综合上述对两种方法的评价，Polyphobius预测的综合能力较好，可取其预测的结果，一旦确定含有信号肽，则N端必然位