目的对手工核酸提取法和全自动核酸提取仪法在手足口病肠道病毒RNA荧光定量PCR检测中阳性检出率、精密度、重复性进行比较。方法回顾性研究。随机收集我院2016年6月份门诊手足口病疑似患儿咽拭子标本96例,分别采用NP968核酸提取仪和手工Trizol法处理标本后,应用美国Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR进行扩增,记录各组CT值,分析比较两种提取方法的阳性检出率,随后采用稀释法比较手足口病肠道病毒两种方法提取的阳性检出率;随机各取一份低CT值(强阳性)和高CT值(弱阳性)标本,分别用自动核酸提取法和手工法每组连续测定10次,记录提取后荧光定量PCR扩增的CT值进行精密度分析。随机取10份高CT值咽拭子标本分别采用两种提取方法提取,重复做3次计算CT值的平均值,进行重复性分析。计量资料以均数±标准差(x±s)表示,组间比较采用T Test,阳性检出率采用χ2检验。结果稀释法分析评估NP968核酸提取阳性检出率较Trizol法高,有统计学意义(46.9%vs 39.6%,P=0.016);手足口病肠道病毒在高CT值组,NP968核酸自动提取较Trizol法提取精密度高,有统计学意义(36.70±0.17 vs 37.40±0.23,P<0.05),而低CT值组,二者无明显差异(21.40±0.16 vs 21.40±0.26,P>0.05),且NP968核酸提取仪法重复性较手工Trizol提取法好(36.39±0.27 vs 36.68±0.38,CV 0.74%vs 1.04%)。结论 NP968核酸提取仪在手足口病肠道病毒RNA提取阳性检出率、精密度、重复性方面优于Trizol手工法,并且自动核酸提取仪可以为临床诊断手足口病肠道病毒含量低的样本提供更有价值的帮助。