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核基因作为一种新的遗传标记，近年来被广泛应用于鸟类分子系统发育研究中。核基因与线粒体基因位于不同的遗传载体上，因此被引入到系统发育学研究中为物种树的重建提供独立的证据。常用的外显子标记为重组激活基因1（RAG-1），重组激活基因2（RAG-2），癌基因c-myc，原癌基因c-mos，它们由于缓慢的进化速率而被用于鸟类高级分类阶元的系统学研究中。常用的内含子标记是β纤维蛋白原基因内含子7（β-fibrinogen intron7，β-fbint 7），肌红蛋白基因内含子Ⅱ（myogtobin intron