【摘 要】
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分子动力学(m o lecu lar dynam ics)模拟蛋白质等大分子内原子间的相互作用.蛋白质折叠所需的时间通常在微秒(10-6s)量级,而进行模拟的时间步长在飞秒(10-15s)量级,并且每步
【机 构】
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中国科学技术大学国家高性能计算中心,上海电力学院数理系
【基金项目】
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国家高技术研究发展“八六三”计划基金项目(2002AA104560)资助,,教育部归国留学人员基金资助.
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分子动力学(m o lecu lar dynam ics)模拟蛋白质等大分子内原子间的相互作用.蛋白质折叠所需的时间通常在微秒(10-6s)量级,而进行模拟的时间步长在飞秒(10-15s)量级,并且每步需要计算大量的相互作用(O(n2),n为原子数),以致于无法模拟足够长时间的折叠过程.现今在满足精确度的需求下没有更好的模拟算法.最近,生物学家研究了一种分布式的动力学方法,使得可以利用分布在In ternet上的计算机进行并行模拟成为可能.本文的目标是设计并实现在分布式P 2P和网格计算环境等多种异构计算资源下进行动力学模拟的可靠框架,以便更大限度地利用计算资源,加快计算过程.我们基于Java和W eb serv ice技术,已经实现了对应用透明的计算框架,并已将它扩展到我们的网格计算环境.实验表明分子动力学模拟程序在该框架下运行良好.
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