随着经济的快速发展和社会的不断进步，社会主义新农村建设也得到了迅猛发展，在新农村建设中农民专业合作社如雨后春笋般涌现出来，为广大农民致富奔小康发挥了很大作用。农民专业合作社是在农村改革发展过程中农民自发组织形成的一种新型的经济组织。近年来，随着农村改革发展的逐步深入，特别是《中华人民共和国农民专业合作社法》的颁布实施，县级新农村中农民专业合作社得到了长足的发展。但作为合作社经济活动的重要原始记录——合作社会计档案无论其形成还是管理都存在许多与合作社发展不相适应的问题。
　　
　　一、存在的主要问题
　　
　　(一)会计主体不明确
　　农民专业合作社大多是通过农民经纪人、种养殖大户、龙头企业、供销社和社会能人牵头自愿组织起来的追求经济效益最大化的新型合作经济组织。调查显示，有些专业合作社登记为企业法人。有些登记为社团法人，有些因规模小、资金少，没有登记。这就使得农民专业合作社市场主体资格不明确，会计主体资格不明确，造成其会计制度适用的不一致性和不确定性。
　　
　　(二)会计核算体系不完善
　　农民专业合作社种类繁多、形式多样，既有从事种植业的，也有从事养殖业的：既有生产类型的，也有流通型和服务型的，较为系统、规范和科学灵活的管理体制尚未建立，造成了农民专业合作社会计核算体系的不完善。
　　
　　(三)会计档案管理不规范
　　由于专业合作社的负责人大都是种养殖大户和社会能人担任，所聘用的人员也参差不齐，又要考虑降低费用开支，即使有会计核算的专业合作社。会计从业人员也大都是由入社的社员兼职，缺乏会计专业知识和档案管理业务知识，从而导致会计核算、财务管理的不规范。此外，会计档案的形成材料、保管条件等也不完全符合档案法律法规的要求，亟待加强。
　　
　　二、对策与建议
　　
　　(一)加强宣传教育
　　2007年，《中华人民共和国农民专业合作社法》颁布实施，从法律上明确了农民专业合作社成立、注册登记、组织性质、宗旨、经营服务范围以及财产关系和责任形式，为农民专业合作社的规范健康发展提供了法律依据，各级合作社管理部门要抓住机遇，加大相关法律法规知识的宣传力度。同时，进一步加强对《中华人民共和国档案法》和相关法规的宣传力度，增强广大农民特别是合作社负责人和档案管理人员的档案意识。
　　
　　(二)科学规范引导
　　合作社会计档案是合作社重要史料内容之一。要按照《农民专业合作社会计档案管理制度》的要求，对会计档案进行认真收集，分年整理，装订成册，并建章立制、加强保管。逐步实现合作社财务档案管理工作的科学化、程序化、制度化。
　　
　　(三)强化监督指导
　　各级档案管理部门要根据形势的变化，适时将合作社会计档案管理纳入档案工作的管理体系，切实加强对合作社会计档案工作的指导和监督。要因地制宜，采取灵活多样的形式，加大对合作社会计档案管理人员的培训力度，提高合作社会计档案管理人员的档案管理水平，为合作社会计档案工作科学规范发展提供必要的人才储备。
　　总之，笔者认为作为农民专业合作社经济活动重要原始记录的农民专业合作社的会计档案的管理问题，也是关系“三农”问题的重中之重，应当引起各级档案部门的重视，要认真正确对待，积极创造条件，抓好农民专业合作社会计档案的整理归档、管理利用工作，县、乡、村档案工作人员都应坚持全面融入、主动服务第一要务的原则，真正做到想农民之所想、急农民之所急，真正为农民办实事：让农民得实惠，拓宽农民科技致富道路。开创服务新途径；积累典型新经验；提高农民专业合作社会计档案管理水平。深入服务“三农”事业，实现档案工作立足农村，面向农业、服务农民的目的。积极探索建立适应新农村特点的档案公共服务新机制，管用并举，由以“档”为本转变为以“人”为本，实现“民生档案、服务民生”的大目标。加强和推进农民专业合作社会计档案管理工作，为维护农民的合法权益服好务，为全面推进社会主义新农村建设和促进和谐社会建设及农村经济的可持续发展做出积极的贡献。