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口服免疫耐受是诱导外周免疫耐受的重要方法。口服抗原诱导免疫耐受的主要机制是主动抑制和克隆失活，低剂量口服抗原通过主动抑制起作用，而高剂量抗原主要是诱导克隆失活。口服自身抗原以疾病和抗原特异性方式抑制了几种实验性自身免疫动物模型，如实验性自身免疫性脑脊髓膜炎（EAE）、眼葡萄膜炎、肌无力、胶原和佐剂诱导的关节炎、NOD小鼠的糖尿病等；此外，口服自身抗原还可抑制同种异体排斥反应，延长移植物的存活期。在多发性硬化、类风湿性关节炎、眼葡萄膜炎等疾病中口服耐受已进入初期临床试验，取得了一定的临床效果，并且未出现明显的毒性作用。