论文部分内容阅读
利用公共数据库中果蝇F1代和栽培水稻基于高通量Illumina测序平台的RNA—Seq短序列数据，比较了8个（ABYSS, Velvet, SOAPdenovo, Oases, Trinity, Multiple-k, T-IDBA and Trans-ABySS）转录组从头组装软件。结果显示，在基于单一k-mer和多重k-mer方法的两类软件中，Trinity和Trans—ABYSS分别表现出最好的组装性能，而其它软件性能比较接近。我们还发现基于多重k-mer比单一k-met可以组装获得更多的总碱基数目