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将进化论中的小生境技术与菌群优化算法结合，提出了小生境菌群算法，通过细菌之间的距离找到具有相似距离的例子个体组成小生境种群，利用菌群优化算法在该种群里模拟细菌的行为，所有细菌经过小生境群体的进化后，找到最优的个体存人到下一代菌群中，直到找到满意的适应值。该算法克服了菌群算法收敛效率低，容易收敛到其他极值点的问题。用Shubert函数验证了该算法的性能，并与原算法进行了比较，通过更多的优化函数说明了该组合算法可以获得较好的解，极大地提高了收敛成功率，且代价较小。