随着国力的增强和国家对科学研究的重视，各级政府对科研经费的投入有了较大幅度的增长，自然科学研究经费每年以20%以上速度增长，社会科学研究的经费增长速度亦较快，研究经费短欠的问题有了较大的改善。与此同时，我国现行的经费、特别是社会科学研究经费在使用、管理上还存在着一些问题，其中最为突出的问题：
　　1.是研究经费使用上基本实行项目制，研究者缺乏基本研究经费的支持，而项目设立又主要由政府控制，其结果导致所谓的“跑部钱进”或被迫“活动”评委等学术不端现象的发生，而拿到的项目又往往并非自己所长和所思，同时，为了申报、应付检查、验收等，耗费了科研人员大量宝贵时间和精力。
　　2.是管理上不承认研究者的智力付出。在现有的科研经费管理上根本就没有智力报酬这一项，劳务费比例定的也太低。这一切制约了研究经费更好地发挥作用并产生更多有价值、个性化的研究成果，造成了浪费，甚至在一定程度上导致学术腐败。 为此建议：
　　1.在经费使用上增加基本科研经费类型和比例。比如对研究型大学的人文社会科学工作者，由国家每年划拨一定数额的科研经费，让研究者按照自己的学术兴趣和学术能力制订计划，学校则根据其自订的研究计划定期进行检查即可。此举可以为研究者减少大量花费在学术外的时间与精力，同时由于研究项目是研究者自己确定的，是其兴趣所在，从而也就能保证研究成果的最终水平，并减少学术腐败的发生。
　　2.在经费管理上增加对研究者智力报酬的支付。学术研究是一项创造性劳动，研究者要想做出一项好的研究，需要付出大量的心智和体力，因而，必须支付报酬，使学术研究可持续发展。但现行的研究经费管理办法中基本上没有支付研究者研究过程中的智力报酬部分，只规定研究者可以在研究经费中支取不多的劳务费用支付给研究过程中的其他辅助者。