1例上呼吸道感染病例的高通量测序病原鉴定

来源 :中华实验和临床病毒学杂志 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yuhua_ly
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目的

以高通量测序技术对1例上呼吸道感染病例的可能病原进行鉴定并对样品前处理方法进行优化。

方法

以核酸酶和/或核糖体RNA探针杂交预处理患者咽拭子样本,非序列依赖单引物扩增(sequence-independent single primer amplification,SISPA)后制备测序文库,利用MiSeq高通量测序,对测序结果进行生物信息分析及Real time RT-PCR验证。

结果

测序reads经拼接后与病毒数据库比对发现存在乙型流感病毒序列,进化分析该毒株属于Yamagat系一株新的变种,核酸酶结合核糖体RNA探针杂交处理样本可提高高通量测序目标序列数及覆盖率。

结论

应用核酸酶和/或核糖体RNA探针杂交处理样本结合高通量测序技术可用于快速高效地鉴定不明原因感染的病原。

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