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运用隐马尔可夫模型，利用Perl编程，以几种模式生物的蛋白质数据库为基础，构建了目标基因的全基因组预测的新方法。该方法具有高通量，准确度高且操作简易等优点，特别在多结构域蛋白家族预测上更显优势。应用该方法对几种模式生物的全基因组PPR和TPR蛋白家族进行了预测，其中粳稻日本晴中含有536个PPR蛋白、199个TPR蛋白；籼稻9311中含有519个PPR蛋白、177个TPR蛋白；拟南芥中含有735个PPR蛋白、292个TPR蛋白；红藻中6个PPR蛋白、32个TPR蛋白；蓝细菌以及古细菌中没有PPR蛋白，但蓝