H9N2亚型禽流感(AI)持续在我国鸡群中广泛流行,为了明确山东及周边养殖场H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的分子进化情况,本研究对2016年～2018年间从山东及周边养殖场病鸡中分离鉴定得到的25株H9N2亚型AIV分别纯化后进行全基因组测序和遗传演化分析,并分析序列中重要氨基酸位点的变异情况。全基因组序列分析显示:25株H9N2 AIV 8个基因节段均属于欧亚谱系,但8个基因节段的分子进化关系呈现出基因多样性:HA、NA基因来自Y280-like,25株分离株HA基因之间的同源性为92.8%～99.9%,NA基因之间的同源性为91.0%～99.9%;PB2基因来自G9-like;PB1、PA、NP、NS基因来自F98-like;M基因来自G1-like。HA蛋白的受体结合位点149、198、234和235位点变异最多,25株分离株HA均出现Q234L突变(相当于H3第226位氨基酸);21株分离株在HA蛋白218～300位糖基化位点缺失,所有分离株均在313～315位出现潜在的糖基化位点;仅3株分离株的NA蛋白在402位出现糖基化位点,而NA蛋白在264位有11株分离株出现了潜在糖基化位点;5株分离株在PB2蛋白的627位点发生变异,1株在PB2蛋白的714位点发生变异。以上结果表明,近3年山东周边地区流行的H9N2 AIV是由不同进化方式而来,部分重要氨基酸位点出现了变异,具有潜在感染哺乳动物的可能性,因此需加强H9N2 AIV的分离鉴定,密切监测其遗传变异情况。