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黑脉羊肚菌子囊孢子绝大多数（９２．８％）呈椭圆形，少数（７．２％）为圆形。细胞核的数目不等，多数单核，少数为双核。细胞质的密度以及细胞核的形状和在也子内的定位一的差别。萌发初期，孢子因吸水体积膨胀，多数孢子的核不发生分裂，直接转移到孢子的一极，细胞核所在位置的壁向外凸出形成芽管，细胞核也随之进入到芽管，位于或靠近芽管的顶端。