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马胃蝇蛆病在中国新疆地区马科动物中广泛流行，其中的病原体———黑腹胃蝇的感染比例最高。对该地区感染普氏野马、蒙古野驴和当地家马的黑腹胃蝇195条线粒体 COI 基因序列进行分析，得到了57个单倍型；采用邻接法（NJ）构建单倍型之间的系统发育树显示存在6个遗传分化程度较大的簇。结果表明：1）感染3种宿主的黑腹胃蝇单倍型多样性均很高，说明感染同一宿主个体的黑腹胃蝇来自多个母本；2）感染3种宿主的黑腹胃蝇遗传分化程度较低，其中感染野马和野驴的黑腹胃蝇群体基因交流最频繁，说明放归普氏野马种群每年重复感染的黑腹胃蝇