【摘 要】
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[目的]开发马氏珠母贝(Pinctada fucata)基因组资源,挖掘功能基因.[方法]以马氏珠母贝血细胞为试材,利用单分子实时技术(single?molecule real time,SMRT)进行全长转录组测序,并对所获得unigenes进行功能注释和基因结构分析.[结果]共获得277064条全长非嵌合序列和82381个基因.经过比对nr、SwissProt、KEGG和KOG数据库进行注释和功能分类后,共得到59621个注释基因.同时,在8493条基因中共发现11219个SSR位点,其中以二核苷酸重
【机 构】
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广东海洋大学水产学院,广东湛江524088
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[目的]开发马氏珠母贝(Pinctada fucata)基因组资源,挖掘功能基因.[方法]以马氏珠母贝血细胞为试材,利用单分子实时技术(single?molecule real time,SMRT)进行全长转录组测序,并对所获得unigenes进行功能注释和基因结构分析.[结果]共获得277064条全长非嵌合序列和82381个基因.经过比对nr、SwissProt、KEGG和KOG数据库进行注释和功能分类后,共得到59621个注释基因.同时,在8493条基因中共发现11219个SSR位点,其中以二核苷酸重复基元类型最高(50.9％).生物信息学分析鉴定得到20013个ln?cRNA、2004个转录因子、10522个可变剪切分析位点.[结论]使用SMRT技术能够深入挖掘马氏珠母贝全长转录组数据,为进一步探讨马氏珠母贝功能基因的挖掘、免疫响应及遗传机制的研究提供可靠的基因组资源.
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