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  5. FoxO1-DNA复合物的分子动力学模拟研究

FoxO1-DNA复合物的分子动力学模拟研究

来源 :湖北农业科学 | 被引量 : 0次 | 上传用户：yourice
【摘 要】
：
采用分子动力学分别模拟了FoxO1和两个不同的DNA序列IRE-DNA、DBE-DNA结合形成的复合物结构。6 ns的分子动力学模拟结果表明,FoxO1/DBE-DNA系统较FoxO1/IRE-DNA系统更稳定,和
【作 者】
：
万华 常珊 
【机 构】
：
华南农业大学信息学院
【出 处】
：
湖北农业科学
【发表日期】
：
2014年9期
【关键词】
：
FOXO1 DNA 分子动力学模拟 大沟 小沟 FoxO1   DNA  molecular dynamics simulation  major groove 
【基金项目】
：
国家自然科学基金项目（31200990）
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采用分子动力学分别模拟了FoxO1和两个不同的DNA序列IRE-DNA、DBE-DNA结合形成的复合物结构。6 ns的分子动力学模拟结果表明,FoxO1/DBE-DNA系统较FoxO1/IRE-DNA系统更稳定,和试验中活性测试结果一致。两个系统的氢键计算显示,DBE-DNA在碱基Thy2、Gua3和Thy7′上和FoxO1形成了更多的高占有率的氢键,使得DBE-DNA和FoxO1结合得更加紧密。通过比较DNA构象参数,揭示了DNA序列在5′端小沟的压缩以及3′端大沟的扩张是有利于和FoxO1结合的优势构
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