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杨钟健在古脊椎动物学中最早接触的是小哺乳动物,他研究了中国北方的啮齿类化石,从而在1927年获得博士学位,并发表了国人古脊椎动物学研究的第一部专著。他早期主要研究新生代哺乳动物化石,后来研究重心转向中生代的四足类,尤其是恐龙为代表的主龙类。他是中国许多中生代类群的第一个研究者,在主龙型类、兽孔类方面做出了突出的贡献。