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1921年3月，黄翠芬出生在广东台山。她从小学习优异，在广州私立培道女子中学和澳门私立协和中学初中和高中毕业时成绩均名列榜首，1940年考入岭南大学化学系。时逢战乱，她在流亡辗转中曾借读国立中山大学，1944年获得岭南大学的毕业证书，并到前中央卫生实验院微生物流行病研究所工作，从事青霉素制备以及鼠疫菌抗原提取和鼠疫菌的药物敏感试验。