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从近代科学诞生以来，物理主义学说一直和实证主义思潮交织在一起，它们相互渗透、五为表里。在现代科学革命的巨大影响下，物理主义首先作为方法论体系独立开来，并且和逻辑实证主义思潮紧密相关。物理主义方法论在社会科学中的滥觞引发了广泛的科学主义争论。但是，随着当代认知科学的深入发展，物理主义正经历着从方法体系到本体理论的自我转换。而无论如何，科学逻辑是物理主义发展的重要基础和核心理念。