【摘 要】
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为研究S-phase kinase-associated protein 1-like (SKP1-like)在龙眼中的分子特性以及其在体胚发生早期的表达模式,基于模式植物拟南芥SKP1-like的氨基酸序列,在龙眼基因组数据库中进行SKP1-like成员的鉴定.同时,通过生物信息学方法对其蛋白理化性质、系统进化特征、染色体定位、共线性与选择压力、基因结构、保守基序、蛋白结构、蛋白互作网络、启动子顺式元件进行分析,并结合龙眼转录组数据分析其在体胚发生早期的表达模式.研究结果表明:龙眼SKP1-like家族
【机 构】
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福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福州350002
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为研究S-phase kinase-associated protein 1-like (SKP1-like)在龙眼中的分子特性以及其在体胚发生早期的表达模式,基于模式植物拟南芥SKP1-like的氨基酸序列,在龙眼基因组数据库中进行SKP1-like成员的鉴定.同时,通过生物信息学方法对其蛋白理化性质、系统进化特征、染色体定位、共线性与选择压力、基因结构、保守基序、蛋白结构、蛋白互作网络、启动子顺式元件进行分析,并结合龙眼转录组数据分析其在体胚发生早期的表达模式.研究结果表明:龙眼SKP1-like家族基因共有14个成员,分别将其命名为DlSKP1-1～DlSKP1-14.龙眼SKP1-like (D1SKP1)家族基因编码蛋白质的氨基酸数、分子量以及等电点分别为75～399aa、8.29～45.34kD、4.44 ～ 5.76,均不含信号肽,可能主要定位于叶绿体中.DlSKP1家族存在1对串联重复基因以及4对片段重复基因.蛋白互作结果提示,DlSKP1家族成员可能与多种蛋白(尤其F-Box家族蛋白)存在互作关系.启动子顺式作用元件的结果表明,D1SKP1家族成员启动子含有较多脱落酸(Abscisic acid,ABA)与茉莉酸甲酯(Methyl jasmonate,MeJA)响应元件.此外,D1SKP1成员在龙眼体胚发生早期存在5种不同的表达模式,其中3个成员(DlSKP1-6、DlSKP1-8、DlSKP1-13)在各阶段的表达量较其他成员较高.研究结果显示,D1SKP1家族成员可能与F-Box蛋白存在互作作用,并且可能参与ABA、MeJA的调控过程,还可能在龙眼体胚的形态建成中发挥重要作用.
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