正如日本研究人员使用分割受精卵的技术可以繁殖出双胞胎的牛、山羊、兔，美国天文学家借助哈勃望远镜的观测方法可以确定星系间的距离并绘制出太阳系内各行星的星图一样，从哲学的角度讲，方法的使命就是引导思维沿着正确的途径去认识客体。UFO现象作为我们研究宇宙的客体之一，尚处于争议之中。就目前的水平来看，关于UFO现象仍然有许多我们难以想见的、经验之外的因素困扰。所以针对UFO现象的特殊性，运用与之相适应的方法进行探索，是我们客观认识UFO现象的基础，和人类迈出地球到太空中自由生活的根本出发点之一。
　　无数的实践充分表明了这样的结果，采用某类事物历史发展的顺序以揭示事物的发展规律，从事物的历史发展中抽出有联系的问题组成概念体系，以揭示事物发展规律的逻辑方法，是科学研究获得成功的两种必须采取的方法。在科学研究中采用纯粹的历史方法或逻辑方法都是不可能的，因为历史的方法不辅以逻辑就成为毫无头绪的流水账；逻辑的方法只有在历史的基础之上才能真正抓住事物的内在关系。人类对包括UFO现象在内的宇宙研究尚处于初级阶段，因此对UFO现象和宇宙历史的考察就显得尤为必要。因此以历史方法为主，辅以逻辑方法的渗透，就构成了探索UFO方法的基本特点。
　　目前我们对UFO的认识和探索因为科学技术发展的局限，迄今仍处于对目击资料的占有阶段。加之UFO目击者的科学素质不同，观察的角度和位置不同，观察的方式、方法不同，因而对UFO的观察印象和随之提出的猜测也是形形色色的。例如猜测UFO是一种自然现象，是人类活动所留下的痕迹，是人们的一种幻觉结果，是外星人的飞行器等等。在我们地球人类还没有真正地与UFO进行“亲密”接触时，对于这些民间关于UFO的诸种扑朔迷离的传闻都不应盲目地轻信或统统加以否定。轻信有时会被尚未得到科学依据的表象所迷惑，一概否定往往又容易把科学发展的机会丢掉。当年，美国工程师罗伯特·富尔顿向正准备入侵英国的拿破仑提出蒸汽机驱动战船的设想，拿破仑不耐烦地说，没有时间听这种能够在甲板下点上柴火逆风逆流行驶的胡说八道。结果拿破仑死后不久，最初的蒸汽机轮船就问世了。所以，对尚未确定的事物既不否认也不轻信的态度，是我们运用历史方法探索UFO的基本原则。
　　现代科学的深入发展，形成了概括和适用程度都有所不同的体系或系统。就UFO的探索而言，概括程度最高而适用范围最广的，应当是辅以逻辑分析的历史方法。原因在于历史的方法可以帮助我们从历史的角度了解UFO各个方面的来龙去脉，从而指导我们选择不同的方法，并通过不同的历史切入点对UFO展开研究。最初人们是以人类自身为生命形式的样本探寻与UFO关联的宇宙智慧生命现象的，结果一无所获。后来人们采用历史方法辅以生物进化的逻辑分析，启示我们用生物起源和形成机制的观点来观察宇宙生物问题，从而找到了较为客观的切入点。如同化学中的电解法、医学中的免疫法和社会学中的人口普查一样，现阶段UFO研究中的观察方法作为一种具体的科学方法，隶属于历史方法的层次之下。用射电望远镜观测太空中各种天体的运动，用哈勃望远镜绘制太阳系内各行星的气象图，用宇宙探测器近距离探测火星等所用的各种仪器设备或技术手段，作为认识主体与客体之间的中介物，它组成了UFO研究中不可缺少的技术手段，并隶属于观察方法的层次之下。以上方法相辅相成的关系和隶属层次的划分，就构成了UFO探索方法的框架结构或整体系统。这样的方法系统才有助于我们既可从某个侧面了解UFO问题，又能从宇宙整体的意义上看待UFO问题。
　　由于UFO研究中迄今还存在着大量的问题和困难，因此仅仅沿用经验范畴之内的思维和传统的理论模式来探索UFO显然是不够的。这往往会犯下诸如我们的祖先曾信奉“地心说”的经验主义的错误，同时也很容易扼杀有关对UFO研究所产生的新奇设想和科学灵感。
　　正因为如此，美国当代哲学家阿瑟·克拉克才说：“假如一位年迈的杰出科学家告诉你某件事情是不可能的，那他几乎可以肯定是错了。”为尽量减少错误的产生，在UFO的研究过程中我们应当广泛采用所能够利用的一切方法手段，如具有严密逻辑分析的各项科学方法和具有丰富想象色彩的文字、音乐、绘画艺术等方法来探索UFO，其目的就是为了让我们的思维摆脱逻辑和日常生活经验的束缚，从不充分的前提中提出较为充分的假设，进而为UFO的探索寻出新的线索或途径。
　　南非约翰内斯堡的罗斯·瓦特豪斯天文台的科学家观测到火星上有一块酷似诺亚方舟的奇石，以此为线索，美国亚利桑纳大学的科学家德翁·布尔最近发现并证明，火星曾经发生过大规模洪灾的证据。采用多学科的方法还有助于发挥人类的想象力，将新科技的成果嫁接到UFO的探索过程中，就像科学家把哺乳动物体内的基因移植到植物上，结果成功地跨越了动植物间基因互移的鸿沟那样，促进人类从不同层次、不同侧面、不同切入点对UFO的探索进行相互分析验证、对比归纳、模拟反驳的方法。综上所述的多学科方法的协同使用，就是UFO探索方法的基本应用措施。
　　此外，对UFO的探索从方法论的角度而言，还应当注意如下几个方面的问题。
　　首先，不要用单一方法的观测结果来代替我们的认识或设立相应的标准，从而避免对UFO现象得出片面的结论。例如为了帮助目击者分辨UFO，有些人提出了UFO与人造飞行器在运行方向、速度、高度以及声音、亮度和尾气等方面的区别标准。其实就目前的经验来看，既然UFO在飞行上与人造飞行器有着不同的表现，也就是说UFO可以表现出令人不可思议的运动形式，那么UFO为何就不能表现出与人造飞行器完全相同的运动规律呢？所以简单地根据目击者的经验就做出UFO与人造飞行器在飞行过程的区别标准，这显然是片面而又不妥当的。
　　其次，在使用各种方法探索UFO时，应采用逆向思维的原则去试着证实UFO是不存在的，这样我们才能够从否定之中得出新的认识。这是因为在UFO的探索中，UFO的探索缺乏科学研究最为显著的特点之一就是可试验性， 那么既然用试验的方法去证实UFO的存在现在几乎还不可能。所以我们只有用科学分析的方法和推理否定UFO的存在，这样才有可能通过反证的途径，从否定之中去证实或探索UFO有可能存在的线索和依据。
　　再有就是探索UFO应当与我们对地球自身的研究认识过程紧密结合起来。因为从哲学观点来看，特殊性是存在于普遍性之中的，所以我们对地球自身的研究相信对于UFO的探索是有启迪和借鉴意义的。例如巴西科学家休基宁根据对地球的研究结果提出UFO有可能来自地心的理论，还有人提出UFO是来自海底的猜想，先不论这类猜测或假设的对错，仅就他们提出的过程来看，就可以充分说明人类对地球的研究是可以借用于对UFO的探索过程的。
　　最后我们应当注意的是，从考虑人类未来在太空中生存的角度总结UFO探索的方法和措施，这其实也是我们探索UFO的根本目的和意义之所在。因此，人类很有必要根据现有记载的有关UFO的飞行情况，进一步改进或完善我们现有的人造飞行物及发射装置等的技术设计、动力技术、通讯系统、综合功能和制造材料等等，从而使我们人类进入太空生活的幻想最终成为现实。
　　科学的发展日益表明，观察者与运动物体之间、测量设备与被测量对象之间都存在着互动的关系，这就如同早期的人类只能站在地球上用望远镜观察包括UFO在内的天体运动一样。今天人类可以把观察设备和观察者直接带到外层空间，获得更为广泛的宇宙信息。所以我们在对UFO进行探索时，还应当充分注意到探索方法的动态性或阶段性问题。
　　从古代先民把星象学视为原始宗教借以预测洪水、旱魃、火山爆发、地震等自然灾害，到今天人类利用宇宙飞船、纳米技术和基因工程一步一步实现着自己的太空梦的进程，现代科学技术的突飞猛进，已经使人类认识包括UFO在内的宇宙产生革命性的变化和突破。在此基础之上，通过上述方法论的阐明，相信我们人类会在不久的将来，从宏观到微观都能够对包括UFO在内的宇宙的物质性给予较为确切的定义和概念，从而促使人类对宇宙的探索进入到一个更加瑰丽的崭新时代。