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欠发达地区低碳产业创新系统作为一个开放的复杂巨系统，具有显著的耗散结构特征，其运行实质是一个不断趋向系统有序形态，并由低级有序形态向高级有序形态逐步演进的过程。依据耗散理论，在对欠发达地区低碳产业创新系统的内部熵增、非平衡状态和协同效应进行分析的基础上，构建出低碳产业创新系统的耗散结构模型，并明确其相应的耗散运行机制，主要包括“熵减”机制、非线性机制和涨落机制。