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[目的]寡核苷酸芯片制备及杂交过程中的影响因素很多，本实验针对其中主要影响因素进行优化，以筛选出最佳的条件，对芯片制备及杂交系统进行优化。[方法]通过改变芯片打印加样量、斑点数和不同探针浓度，挑选出芯片制备的实验条件；采用正交试验法，以信噪比（SNR值）为评估指标，分析芯片杂交的最佳条件。[结果]最佳实验条件为：增加预打印斑点数，探针浓度为1μg/μl，与纯化后的荧光标记样品在50％甲酰胺，10xSSC，0．2％SDS杂交液中42℃杂交4h，洗脱液每次洗脱时间为1min。[结论]此方法适用于60mer寡核