布鲁菌丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶RIO1的生物信息学分析

来源 :寄生虫病与感染性疾病 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xiedavid
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的 应用在线软件分析布鲁菌丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶RIO1抗原蛋白的生物学信息,为研制布鲁菌病基因疫苗奠定基础。方法 采用蛋白质分析系统Protparam(http://expasy.org/tools/protparam.html)分析布鲁菌丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶RIO1蛋白的理化性质;利用软件Protscale(http://www.espasy.org/cgibin/protscale.p1)蛋白质在线分析RIO1蛋白的脂肪指数、亲(疏)水性;利用SOMPA在线分析软件(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgibin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html)获得蛋白质二级结构包括α螺旋、延伸链、β折叠、无规则卷曲卷曲的分布和比例;利用Py MOL viewer软件作图构建三级结构模型。结果 氨基酸序列Leu(L)占13.6%,Glu(E)占10.2%,Gly(G)占8.8%。RIO1蛋白正电荷残基(Arg+Lys)和负电荷残基(Asp+Glu)总数分别为8和为24,不稳定指数24.11,分析为不稳定的亲水蛋白。α螺旋(Hh)占44.22%(65个);无规则卷曲(Cc)占34.02%(50个),延伸链(Ee)占18.37%(27个)。β折叠主要位于21~23、30~32、42~44、70~72和122~126;无规卷曲结构主要位于18~22、27~29、32~35、72~76、83~85和92~94。RIO1蛋白含有糖基化位点,并存在可能的酸磷酸化位点。结论 布鲁菌丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶RIO1 α螺旋及无规卷曲结构较多,易与配体发生结合产生抗原表位,免疫原性良好,可为布鲁菌多价表位疫苗的研发提供参考。
其他文献
目的 克隆结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)PE_PGRS35基因,构建pET28a-PE_PGRS35重组表达载体,异源表达并纯化MTB H37Rv的PE_PGRS35蛋白,经生物信息学分析后,探讨抗MTB新型靶点。方法 PCR扩增PE_PGRS35编码基因,利用重组克隆技术,构建表达载体pET28a-PE_PGRS35,测序鉴定成功后转化至大肠埃希菌(
目的:应用生物信息学方法预测分析结核分枝杆菌表位串联蛋白W541的结构和功能。方法:本实验室构建的新型结核分枝杆菌DNA疫苗编码蛋白W541是由增殖期抗原Ag85A、Ag85B和潜伏相关抗原Rv3407、Rv1733c的表位串联起来的,其氨基酸序列分别利用ProtParam、Protscale、TMHMM、SOPMA、SWISS-MODEL、PSORT、SignalP、NetNGlyc、NetPh
目的 克隆细粒棘球绦虫(Eg)TAK1基因的开放阅读框(ORF)全长,预测其编码的蛋白EgTAK1的结构特点和生物学功能。方法 从新疆株细粒棘球蚴中扩增EgTAK1-ORF全长,克隆至载体pMD20-T上并测序;从NCBI蛋白质数据库中下载EgTAK1的氨基酸序列,利用生物信息学分析软件分别对EgTAK1的理化性质、磷酸化位点、O-糖基化位点、N-糖基化位点、亲/疏水性、保守结构域、跨膜结构域、信
目的 利用生物信息学方法分析肺炎支原体GrpE蛋白的生物学特性,纯化MpGrpE蛋白并制备多克隆抗体。方法 从NCBI网站获得肺炎支原体GrpE蛋白的氨基酸序列,并将其与大肠埃希菌、结核分枝杆菌、解脲脲原体、生殖支原体、鸡毒支原体和龟支原体的GrpE蛋白进行序列比对。利用生物信息学软件分析预测MpGrpE蛋白的信号肽、跨膜区、细胞定位、磷酸化和糖基化修饰、二级结构、三级结构、B细胞表位和作蛋白等生
目的 应用生物信息学软件预测分析结核分枝杆菌PPE2蛋白的结构与功能。方法 从NCBI中获得PPE2序列及其编码基因序列,通过OFR Finder、ProtParam、ProtScaleon Expasy、TMHMM Sever v.2.0、SignalP 4.1 Sever、PSORT、NetPhos 3.1 Sever、BLAST、SOPMA、SWISS-MODEL、ABCpred、SYFPE
<正>参与式主题班会是在常规主题班会的基础上,突出以学生为本的班级活动,能够促使学生在参与体验中形成自觉的自我管理意识,进一步优化班级管理。为响应国家制止餐饮浪费行为的号召,我们班召开了“我为惜粮代言”参与式主题班会,意在发挥参与式主题班会的独特优势,让学生在沉浸式参与中懂得珍惜粮食、节约粮食,从而不断提升学习能力、策划能力、合作能力。
期刊
全科医学是一门为个人或家庭提供全面且持续的健康服务的医学专业,其涵盖范围包括临床医学、行为科学和生物科学等多方面内容,诊疗范围更涉及外科、内科、妇科和儿科等多种重要科室。全科医生则是指经过全科医学专业培训的高素质基层医疗保健人才,其独立工作能力较强,可以为个人、家庭和社区提供廉价、便捷的优质医疗服务。现阶段,我国医疗体系仍存在专科化不足的劣势,于综合医院内设立出新的全科医学科,同时重视有关建设工作
目的 对人乌头酸脱羧酶1(aconitate decarboxylase 1,ACOD1)基因的转录调控因素及其编码蛋白的分子功能进行分析。方法 采用多种生物信息学软件对人ACOD1基因启动子区域转录因子结合位点、甲基化CpG位点、单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism,SNP)位点进行预测,对人ACOD1基因编码的蛋白进行GO(Gene Onotology)蛋
HtrA2在细胞凋亡、细胞应激反应和神经退行性病变方面起重要作用,但其机理尚不清楚。本研究以盘基网柄菌作为模式生物,利用PCR技术克隆了盘基网柄菌HtrA2基因,经双酶切鉴定和序列测定确认后,对其进行了生物信息学分析。结果表明:所克隆盘基网柄菌HtrA2基因全长2023 bp,插入方向正确,无任何突变或碱基缺失。盘基网柄菌HtrA2蛋白分子量为72.17 kD,其分子式为C3180H5047N89
目的 利用生物信息学方法探讨小鼠肌球蛋白轻链激酶(MYLK)的结构、编码蛋白质的结构及功能等,为研究MYLK蛋白功能调节机制奠定基础。方法 通过生物信息学分析,对MYLK基因编码的产物及理化性质、信号肽、跨膜结构、二级结构、三级结构、结构域、亚细胞定位、磷酸化及互相作用蛋白等进行预测分析。结果 MYLK由1950个氨基酸组成,为理论等电点为5.92的亲水性不稳定蛋白,无信号肽和跨膜区域,二级结构主