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适用税率的选择是煤炭资源税改革的核心问题。本文首先采用使用者成本法测算新疆2003～2012年煤炭资源开采的使用者成本。其次基于资源耗减补偿视角，研究如何选择从价计征方式下的煤炭资源税适用税率，笔者认为新疆煤炭资源税从价税率定为8％更有利于资源在代际间公平配置，实现资源可持续利用。再次综合考虑“清费立税”和企业承受能力，提出新疆煤炭资源税改革适用税率的三个方案及适用阶段。最后结合新疆实际情况，提出保障煤炭资源税从价税率实施效果的政策建议。