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水稻是重要的粮食作物也是功能基因组研究的模式植物。近年来水稻功能基因组研究发展迅速，技术和资源平台不断完善和拓展，大批重要功能基因被分离鉴定。高通量基因组新技术开始被应用于水稻育种。回顾了水稻功能基因组研究的发展历程，在对国内外研究现状总结基础上，围绕“稻2020”研究计划对未来水稻发展方向进行了展望。