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采用31个10bp随机RAPD引物对辣椒属(Capsicum)5个栽培种31份材料进行PCR扩增,共扩增出276条带,其中多态性带244条,占88.41%。C.annuum多态性位点比例(PPB)和Shannon多样性指数(I)分别为32.97%和0.1599,表明其遗传多态性较低。31份材料两两不同种质间Jaccard相似系数在0.349~0.952之间,平均为0.729。聚类分析结果显示:C.annuum与其它4个栽培种的亲缘关系由近至远分别是C.chinense、C.frutescens、C.pub