上海自由贸易试验区建立以来,由于区内部分知识产权保护制度立法滞后,且海关缺乏专业的知识产权保护队伍,保护机制不健全,再加上区内多元化纠纷解决机制尚不完善,中国自贸试验区的知识产权保护陷入涉外定牌生产纠纷频发、平行进口纠纷解决缺乏依据等困境。要突破这些困境,完善现有的知识产权保护制度,自贸试验区应从五个方面着手:一是借助政策优势填补现有知识产权的立法空白;二是明确海关的执法权限,完善海关的内部机制,建立专门的知识产权保护队伍,以提升区内知识产权保护的执法能力;三是成立自贸试验区法庭专家组,提升区内知识产权纠纷的审判效率;四是建立区内调解中心的电子备案机制,完善现有的调解机制,增强调解作为纠纷解决方式的吸引力;五是完善区内临时仲裁制度,充分发挥临时仲裁在区内知识产权保护纠纷解决中的重要作用。