白斑狗鱼雌、雄基因组混池重测序研究

来源 :淡水渔业 | 被引量 : 0次 | 上传用户：rztest

【摘要】

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为研究白斑狗鱼(Esox lucius)雌、雄基因组差异,实验对20尾雌鱼和20尾雄鱼分别进行混池重测序。测序结果显示:雌、雄池待分析测序数(clean reads)分别为282400688条和2773910

【作者】

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张俊杰赵瑞阳蒋丽胡琼李菁唐露李胜忠

【机构】

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新疆农业大学动物科学学院,中国水产科学研究院

【出处】

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淡水渔业

【发表日期】

：

2020年3期

【关键词】

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白斑狗鱼(Esox lucius) 混池重测序 SNP INDEL 性别特异序列 Esox luciusBSA-seqSNPIndelsex special s

【基金项目】

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新疆维吾尔自治区高校科研计划项目(XJEDU2016I201),国家自然科学基金(31660739)

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为研究白斑狗鱼(Esox lucius)雌、雄基因组差异,实验对20尾雌鱼和20尾雄鱼分别进行混池重测序。测序结果显示:雌、雄池待分析测序数(clean reads)分别为282400688条和277391000条,碱基测序错误率(Q30)为94.44%和93.98%。经过与参考基因组比对分析,得到2076647个雌性SNP和2076942个雄性SNP;105810个雌性Indel和647466个雄性Indel;具有显著性别特异的SNP位点10个;使用SNP-Index算法筛选出性别特异区域26个。对雌、

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