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ISSR分子标记是在PCR基础上发展起来的一种DNA多态性检测技术。其基本原理就是在SSR的3’或5’端锚定1～4个核苷酸，然后对反向排列SSR间的一段DNA进行PCR扩增，而不是扩增SSR本身。ISSR分子标记通常为显性标记，呈孟德尔式遗传，具有简便、快速、稳定、DNA多态性高等优点。目前，在植物遗传多样性、系统发育、品种鉴定、基因定位、遗传作图等研究中已得到广泛的应用。