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区域农业创新体系是国家创新体系的重要组成部分，在建设和谐社会、区域协调发展的过程中，行政区经济已成为区域创新体系建设的瓶颈因素。行政区经济是区域经济受行政区划的刚性约束而产生的一种特殊区域经济现象，行政边界与区域农业创新体系既有对应性又有非对应性，这对区域农业创新体系的建设造成正反两方面的影响。文章通过对两行政区区域农业创新体系建设过程中隐性知识的非合作博弈分析，提出了行政区经济下的区域农业创新体系建设的对策和建议。