【摘 要】
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目的 应用全基因组测序方法,鉴定中山市1名发热及皮疹待查因的患者血液中分离的1株罕见菌株.方法 对1株罕见菌株进行传统微生物生化鉴定无果之后,提取细菌基因组DNA,并进行全
【机 构】
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中山市疾病预防控制中心,广东中山528400;广东省疾病预防控制中心,广东广州511430;中山市中医院,广东中山528400
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目的 应用全基因组测序方法,鉴定中山市1名发热及皮疹待查因的患者血液中分离的1株罕见菌株.方法 对1株罕见菌株进行传统微生物生化鉴定无果之后,提取细菌基因组DNA,并进行全基因测序,按照de novo的方式进行组装后,应用微生物基因组序列的平均核苷酸相似度(ANI)鉴定方法进行物种鉴定.结果 该株罕见菌用传统微生物方法不能鉴定,而用基于全基因组测序的微生物基因组序列的ANI鉴定方法,可准确地鉴定为念珠状链杆菌,该菌与Streptobacillus moniliformis DSM 12112的核苷酸相似度为99.68％.结论 基于全基因组测序的方法可用于罕见病原菌的快速鉴定.
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