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现有蛋白质亚细胞定位方法针对水溶性蛋白质而设计，对跨膜蛋白并不适用。而专门的跨膜拓扑预测器，又不是为亚细胞定位而设计的。文章改进了跨膜拓扑预测器TMPHMMLoc的模型结构，设计了一个新的二阶隐马尔可夫模型；采用推广到二阶模型的Baum-Welch算法估计模型参数，并把将各个亚细胞位置建立的模型整合为一个预测器。数据集上测试结果表明，此方法性能显著优于针对可溶性蛋白设计的支持向量机方法和模糊k最邻近方法，也优于TMPHMMLoc中提出的隐马尔可夫模型方法，是一个有效的跨膜蛋白亚细胞定位预测方法。