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1998年4月国务院学位委员会颁发了《临床医学专业学位试行办法》，北京医科大学等高校开始开设临床医学专业学位试点工作，揭开了全国培养技能型医学高层次人才的序幕。遵义医学院2000年获得“临床医学专业学位试点单位”资格，于2001年起开始招收和培养临床医学硕士专业学位研究生，并接受以研究生毕业同等学力的在职人员申请临床医学硕士专业学位，开始了遵义医学院医学专业学位研究生培养工作，并于2003年获得“口腔医学专业学位试点单位”资格。