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利用rep-PCR,AFLP和RAPD等多种基因组指纹分析方法，指纹图谱结合计算机辅助分析，用于研究植物病原细菌群体遗传多样性；遗传多样性图谱有助于理解病原细菌的分类，群体结构。还有利于设计特异，灵敏，快速检测策略用于植物病原检测和病害诊断。已有许多以PCR为基础的检测技术如rDNA-PCR,ITS-PCR,ARDRA等，有很多特异性引物及检测程序，已在植物病原检测和病害诊断中广泛应用，PCR技术的应用和计算机的辅助分析。为植物病原细菌群体动态和生态学知识提供了基本框架，使植物病理学进入一个新时代。