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基于16S rRNA和18S rRNA高通量测序技术,研究了长江南京段21条主要入江支流不同水期底质多营养级微生物的群落结构特征,利用Shannon指数等分析了样品中微生物群落的多样性。结果表明,42个样品的细菌群落归属于285个纲水平上的OTUs(operational taxonomic units),归属于62个门;优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)等,优势菌纲为β-变形菌纲、α-变形菌纲、δ-变形菌纲等。原