湖泊与水库作为地表水资源的重要载体，是中国特大、大中型城市最重要的集中型供水源地和最基本的地理单元，兼具供水、防洪、维系生物多样性等诸多功能，与人类生产生活息息相关。湖泊科学是地理科学的重要组成部分，加强湖泊科学基础研究对于助力中国生态文明建设具有重要意义。国家自然科学基金是中国基础科学研究资助的主渠道，自然科学基金申请书在一定程度上反映了各研究领域前沿与热点。经过梳理，1986—2022年间地理科学学科的自然科学基金申请书标题中含“湖”和“水库”的共2347份，对其中的关键词等信息的分析表明：（1）湖泊科学申请书数量增长主要集中在2004—2011年和2018—2022年两个时段。（2）1986—2022年D0105（景观地理与综合自然地理）和D0113（遥感科学）两个二级代码下申请书数量占比分别达25.0%±8.9%和19.8%±5.5%。（3）“鄱阳湖”“太湖”“洞庭湖”“青藏高原”“三峡水库”等研究区出现频次较高，“机制”“湿地”“流域”“遥感”等研究内容与方法热词出现频次较高，这与Web of Science及中国知网等平台上热词检索结果大致吻合。（4）在湖泊科学领域提交申请书数量较多的依托单位依次为中国科学院南京地理与湖泊研究所、江西师范大学、中国科学院青藏高原研究所。未来国家自然科学基金委员会地理科学学科将进一步优化学科布局与关键词设置，增强跨领域跨学科交叉，引导聚焦湖泊科学基础理论与前沿热点问题，促进中国湖泊科学研究的高质量发展。