【摘 要】
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采用RT-PCR和LD-PCR技术克隆了5个鸭种(金定鸭、樱桃谷北京鸭、番鸭、绿头鸭和斑嘴鸭)CD8α基因编码区序列,结合GenBank中已有禽类(红色原鸡、北京油鸡、斑胸草雀和火鸡)的CD
【机 构】
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江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室; 江苏省无锡市动物园; 国家水禽种质资源基因库;
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(31101704);现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-43-3);江苏高校优势学科建设工程资助项目(苏政办发【2011】137号)
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采用RT-PCR和LD-PCR技术克隆了5个鸭种(金定鸭、樱桃谷北京鸭、番鸭、绿头鸭和斑嘴鸭)CD8α基因编码区序列,结合GenBank中已有禽类(红色原鸡、北京油鸡、斑胸草雀和火鸡)的CD8α序列,采用Jmodeltest最适核苷酸替代模型筛查,使用DAMBE V4.5.2对核苷酸替换(转换/颠换)的饱和性进行检测;并采用最大似然法检测各位点承受的选择压力。测序结果表明,不同鸭种间仅发现少数点突变,其编码区序列相当保守;AIC信息量准则检验结果发现9种禽类CD8α基因的最优核苷酸替代模型为"GTR+G",核苷酸替换的饱和性检测结果表明序列的核苷酸替换并未饱和;应用MEGA 5.0构建了禽类CD8α基因的系统发育关系树,不同禽类CD8α基因大致划分为3类;"位点-特异"模型检测到7个受到正选择作用的位点,其中4个位于功能重要的区域。本研究成功地克隆了鸭CD8α基因编码区序列,并发现不同禽类CD8α基因在分子进化中是保守的,研究结果为进一步了解禽类CD8α基因进化历程、结构与功能变异提供理论依据。
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