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2000年5月－2001年5月对粤东赤潮重灾区柘林湾者的浮游植物周年调查表明，柘林湾共有浮游植物54属153种。其中硅藻为优势类群，共37属114种，占总种数的74.51%；甲藻15属36种；其它2属3种。浮游植物种数和丰度的平面分布表现为弯内低于湾外，东部低于西部的基本格局，季节波动模式则为单峰型，全年数量最高峰位于盛夏7月份。中肋骨条藻（Skeletonema costatum）为该湾的全年优势种，在群落总细胞数中的百分比年平均高达58.7%。通过对水温、营养盐、浮激植物群落的多样性指数和均匀度以及中