分布于贵州省普安县青山镇和威宁县草海的鲫,系喀斯特山区彼此隔离的2个地理群体,为探明其遗传结构,探讨彼此间系统关系及遗传分化情况,本研究对其mt DNA D-loop区进行测序分析。结果显示:普安鲫有919和921~927bp 8种序列长度类型,分属27种基因型和14种单倍型;草海鲫有923~925bp 3种序列类型,分属11种基因型和6种单倍型;序列差异因碱基替换和缺失/插入不同所致。普安鲫是银鲫和鲫指名亚种及其所含3个亚类群的混生群体;草海鲫为鲫指名亚种2个亚类群的混合群体。普安鲫及其指名亚种群体遗传多样性水平中等,草海鲫及其指名亚种群体遗传多样性偏低,普安的银鲫群体遗传多样性水平极低。研究表明,喀斯特山区2地理群体鲫具有群体组成复杂和母系来源多样的发育特点,因长期的地理隔离、生殖隔离和基因交流缺乏所造成的遗传漂变和进化速率差异,其基因型和单倍型呈明显地理分布格局,各群体间遗传分化严重。普安的银鲫系东北银鲫起源,遗传变异低,急需改善亲本质量。草海鲫因奠基者效应、瓶颈效应和遗传漂变导致其遗传多样性偏低。本研究丰富了喀斯特山区鱼类群体遗传学资料,为地方鲫种质资源鉴定与评价提供基础资料。