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针对高校实行校院两级管理体制改革中院系作为独立的利益博弈主体存在着自身的利益追求，要求围绕“责、权、利”进行重新定位与分解，校院双方始终进行着利益的博弈的问题，对校院之间的利益博弈关系进行分析，然后通过构建博弈模型来寻求双方非合作利益博弈的症结，分析了信息不对称对学校与院系博弈造成的影响。认为要从根本上协调好校院间的利益关系，就必须明确学校与院系之间权力、责任、利益的划分，加强对学校职能部门的监管力度；畅通校院间的沟通协调渠道，完善决策机制、提高决策水平，实现决策民主化；构建科学合理的管理激励与约束机制。