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云南共有轮藻植物５属４８种。在种类组成中，丽藻属最多，轮藻属次之，其它３属的种类较少，分布特点具有热带，亚热带性质，区系属于印度－马来西亚，但鸟巢藻属、拟丽藻属、松藻属的地理分布带有地中海沿岸区系的成分。云南轮藻某些种类在形态上存在的差异显示了系统发育的间断性，同时，它们在形态上所具有的一些共同点，反映了在其进化过程中的连续性。