高体(Seriola dumerili)线粒体全基因组测定及结构特征分析

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为快速有效鉴别属鱼类物种、加强鱼遗传多样性管理与种质资源保护,通过Illumina测序技术,获得了东海海域养殖高体(Seriola dumerili)线粒体基因组全序列(16530 bp),碱基组成为A (26.83%)、G(17.6%)、C(30.04%)和T(25.53%),A+T含量为52.36%,且非编码控制区(D-loop)A+T富含61.64%,表现明显的AT偏好性.与其他硬骨鱼一样,高体线粒体基因组包含13条蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因,除ND6、tRNAGln、tRNAAla、tRNAAsn、tRNACys、tRNATyr、tRNASer、tRNAGlu、tRNAPro基因外,其余均位于H链编码;蛋白编码基因中,除CO Ⅰ、CO Ⅱ和ND5的起始密码子分别为ATC、ATA和ATA外,其余10个蛋白编码基因的起始密码子均为ATG,以典型的TAA和TAG为终止密码子,在ND4和Cytb中存在不完全密码子T;除tRNAser-GCT外,其余21个tRNA均为典型三叶草二级结构.比较中国和日本海域高体线粒体基因组发现,CO Ⅰ、CO Ⅱ和ND5蛋白编码基因在起止位置、片段长度及起止密码子上存在显著差异.此外,与同属的黄条(Seriola aureovittata)和五条(Seriola quinqueradiata)的线粒体基因组13个蛋白编码基因进行两两对比分析,结果表明3种属鱼类的蛋白编码基因的相似性在85%~100%之间.基于线粒体基因组全序列构建的系统发育树,成功将高体与其他属鱼类有效区分,高体与长鳍同属一支,亲缘关系最近;黄条和五条聚为一支,亲缘关系最近.
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