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互感器采样信息异常将导致变电站保护系统误动或拒动.针对该问题,考虑目前保护算法普遍基于全周傅式算法计算保护相量信息,首先分析异常数据对全周傅式变换的影响,进而提出一种基于波形相似度的异常数据识别算法,并利用插值或站域信息冗余替换对异常数据进行修复,从而避免保护系统错误动作.该方案能够准确快速找到异常数据点,且修复方案并不会降低原有保护的动作速度.理论分析及仿真算例验证了该方案的可行性.