Alternate Directory有一套默认的搜寻“标准”，按照这一模式来清理磁盘或文件夹，既方便又安全，可以快速完成磁盘文件的清理。启动软件，如果要清理分区，从驱动器列表中选择分区卷标;若是要清理所有磁盘，点选“所有磁盘”选项。最后点击“清理磁盘”按钮，进行扫描并清理即可。如果仅点击“诊断”按钮，则只扫描不清理，清理操作将需要用户确认来完成（图1）。
　　上述清理是按软件默认的“标准”清理选项进行的。在“标准”选项中，软件指定了一些特定的文件扩展名作为自动清理的对象。如果需要提高清理标准，可点击“选项”，然后选择“高级”或“关键”按钮。相对于上述安全的“标准”模式，“高级”模式提供的擴展名更多，但删除不慎，有可能会影响个别应用程序的正常使用，因此要慎重对待。而“关键”模式提供的删除选项更多，一般来说，只有当磁盘空间不够用时，才不得已使用它（图2）。
　　如果上述模式都不能满足要求，我们还可以使用自定义的方式来编辑方案。点击“编辑”按钮，启动编辑文件类型对话框，在文件扩展名列表中，添加或删除文件类型（图3）。
　　要使用“标准”之外的方案（即上述高级、关键、自定义方案），只需在“选项”窗口中，将需要使用的方案设置为“默认”即可。
　　为了确保需要删除的文件夹被彻底清理，同时确保需要保留的文件夹不被清理掉，我们还可以采用“排除”和“包含”的方法。在“选项”窗口中，选择“排除下列文件夹”选项，点击“添加”按钮添加不需要扫描和清理的文件夹;选择“彻底清除以下文件夹”选项，点击“添加”按钮添加需要彻底清理的文件夹。