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与常规稻田相比，稻渔(蟹)共作稻田纹枯病、稻飞虱及稻纵卷叶螟等发生危害均较轻，条纹叶枯病发生略重于常规稻田，三化螟发生较为严重，草害发生较轻。稻渔(蟹)共作稻田具备较多农业防治的便利条件，耕翻灭茬、春季灌水可有效压低越冬及冬后三化螟残留基数；选用抗病避虫品种可有效抵御条纹叶枯病等常见病虫的危害。在药剂防治方面，应注重浸种与秧田期防治，狠压移栽前病虫基数；在大田期放松对次要病虫害的防治标准；乙酰甲胺磷及其与印楝素复配使用，可有效防治三代三化螟。