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真菌（Fungus）有别于细菌，其细胞壁肥厚并有明显的细胞核。常见的条件致病菌主要有念珠菌、白色念珠菌、光滑念珠菌、热带念珠菌、近平滑念珠菌、克柔念珠菌（耐氟康唑）、其他念珠菌、隐球菌、毛霉菌、曲霉菌。其发展趋势为念珠菌属中非白念珠菌株增多，不同临床科室的病人所发生感染的真菌不同，在同一人体内可同时伴有两种或两种以上的真菌感染。