怀疑主义是福柯思想的深层特质。这种怀疑主义更多地体现在福柯对边缘群体生存境遇的关注与分析上。在其成名作《疯癫与文明》中,福柯将"疯癫"一词作为研究对象,从考察疯癫的内涵出发,梳理了疯癫史,将疯癫的形式区分为文艺复兴时期自在的流浪生活、古典时期的禁闭生活以及现代时期精神病院中的沉默生活,指出了理性对于疯癫的压制,揭示出疯癫者这一边缘群体长期受社会压制的事实。在福柯看来,正是理性的独断性、至上性造就了同一性、消灭了多样性,使得疯癫者长期遭受不公正对待。作为西方理性思想的怀疑者,福柯从理性的边界出发,以理性对疯癫的压迫史为论述主线,指出理性主宰下的行为不但是一种非正义的排斥行为,而且将整个现代社会打造为"大铁笼",一切不符合理性原则的事物都被禁锢了起来。福柯透过疯癫与理性的关系,进一步认识到现代西方社会的虚伪性,指证了现代西方社会制度及其知识基础的不合理性。基于以上的认识以及长期坚持的对边缘群体的人道主义关怀,福柯最终得出被理性长期压制的疯癫才是更为本真的生活状态的结论。这种疯癫并不是社会发展中的负面因素,而是代表了一种独特性,这种独特性在现存社会中不被广泛认可,但都或明或暗地存在于每个人的身上。从更深层次上讲,这种疯癫展现了人的原始生存状态,是没有或者较少受到外界环境影响的本真活动,因而反映了个体生命的纯真。福柯通过对疯癫真谛的揭示,还原出长期被理性遮蔽的那部分自然秩序,完成了对理性的怀疑与否定。